장애인 고용부담금 손금 인정, 경정청구 가능할까? (대법원 2024두30809)

장애인 고용부담금, 왜 손금 인정 여부가 쟁점이었나요?

장애인 고용부담금은 장애인 의무고용제도에 따라 일정 규모 이상의 사업장이 장애인을 일정 비율 이상 고용하지 못했을 때 납부해야 하는 부담금입니다. 「장애인고용촉진 및 직업재활법」에 따르면 상시 근로자 100명 이상 사업장은 일정 비율 이상의 장애인을 의무적으로 고용해야 하며, 이 의무고용률을 충족하지 못하면 매년 장애인 고용부담금을 납부하게 됩니다.

문제는 이 부담금을 세법상 어떻게 볼 것인지였습니다. 사업 과정에서 발생한 정상적인 비용으로 볼지, 법령을 위반했을 때 부과되는 제재성 공과금으로 볼지를 두고 세무 실무에서 오랫동안 논쟁이 이어져 왔습니다. 「법인세법」 제21조는 개정 전(2024.12.31까지 적용) 법령 위반에 따른 제재로 부과되는 공과금을 손금으로 인정하지 않도록 규정하고 있었고, 국세청은 그동안 장애인 고용부담금을 이러한 제재적 공과금으로 보아 법인세 계산 시 비용 처리를 인정하지 않는 입장을 유지해 왔습니다.

대법원 2024두30809 판결, 무엇이 달라졌나요?

그동안 법인세 신고 실무에서는 장애인 고용부담금을 손금불산입 항목으로 처리하는 것이 일반적인 관행이었습니다. 과세관청 역시 이를 의무 불이행에 따른 제재적 성격의 공과금으로 보아 손금으로 인정하지 않는 입장을 유지해 왔습니다. 하지만 대법원 2024두30809 판결은 이 부담금의 성격을 다시 판단하며 기존 실무와는 다른 기준을 제시했습니다.

대법원이 제시한 핵심 판단은 두 가지입니다. 첫째, 장애인 고용부담금은 고의나 과실을 전제로 부과되는 벌금·과태료와 같은 제재가 아니라, 장애인 고용 촉진이라는 정책적 목적을 달성하기 위해 기업이 경제적으로 분담하는 조정적·유도적 성격의 부담금이라는 점입니다. 둘째, 사업자가 장애인을 직접 고용하는 대신 금전적 부담을 선택한 것에 불과하므로, 이는 기업 경영 과정에서 발생하는 정상적인 사업 경비로 보아야 한다는 것입니다. 이에 따라 대법원은 장애인 고용부담금이 법인세법상 제재적 공과금에 해당하지 않으며, 법인세 계산 시 손금(비용)으로 인정할 수 있다고 판시했습니다.

이미 납부한 부담금, 경정청구로 환급받을 수 있나요?

그동안 장애인 고용부담금을 납부해 온 기업이라면 이번 판결을 주목할 필요가 있습니다. 과거 5년 동안 손금불산입으로 처리하여 더 납부했던 법인세를 환급받을 수 있는 경정청구가 가능해졌기 때문입니다. 특히 상시 근로자 수가 많아 매년 납부하는 장애인 고용부담금 규모가 큰 기업이라면, 경정청구를 통해 환급받을 수 있는 법인세 금액이 수천만 원 이상에 이를 가능성도 있습니다.

다음과 같은 경우라면 경정청구 가능 여부를 검토해 볼 필요가 있습니다.

• 상시 근로자 100인 이상 사업장
• 장애인 고용부담금을 매년 납부하고 있는 기업
• 법인세 신고 시 해당 부담금을 손금불산입 처리했던 경우
• 최근 5년 이내 법인세 신고분이 있는 기업

2025년 귀속 법인세 신고(2026년 3월)에서도 손금으로 인정되나요?

장애인 고용부담금과 관련된 논란이 이어지자 정부는 2024년 12월 31일 세법 개정을 통해 법인세법 제21조의 손금불산입 대상 공과금 범위를 아래와 같이 변경했습니다.

기존 규정에서는 '위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금'만 손금불산입 대상이었지만, 개정 후에는 '제재'라는 표현이 삭제되면서 손금불산입 범위가 더욱 넓어지게 되었습니다. 따라서 현재 진행 중인 2025년 귀속 법인세 신고(2026년 3월 신고)에서는 장애인 고용부담금을 손금불산입으로 처리하는 것이 실무적으로 안전한 방법이라고 볼 수 있습니다. 결국 이번 대법원 판례로 경정청구가 가능한 범위는 2024년 귀속분까지가 가장 명확한 구간으로 정리됩니다.

지금 확인해야 할 것

이번 대법원 판례로 장애인 고용부담금의 비용 처리 방향에 중요한 변화가 생겼고, 경정청구를 통해 과거 5년치 법인세 환급 가능성이 열렸다는 점에서 의미가 있습니다. 장애인 고용부담금을 납부해 온 기업이라면 최근 5개년 법인세 신고 내역을 확인해, 해당 부담금이 손금불산입으로 처리되어 있는지 점검해 볼 필요가 있습니다.